მე-3 ტიპის აუტოიმუნურ პოლიენდოკრინული სინდრომი აუტოიმუნური დაავადება რომელიც ენდოკრინული ჯირკვლების ფუნქციის დაქვეითებით ვლინდება. მდგომარეობა ძირითადად შუახნის ქალებში ვითარდება, ჯირკვლების მიერ ჰორმონების გამოყოფის შემცირების გამო.
მე-3 ტიპის აუტოიმუნურ პოლიენდოკრინული სინდრომთან დაკავშირებულია შემდეგი დაავადებები: ცელიაკია, ქრონიკული გასტრიტი, გრეივის დაავადება, ჰაშიმოტოს თიროიდი.