დაავადების გამომწვევი ზუსტი მიზეზი, სამწუხაროდ, დაუდგენელია. სავარაუდოდ მდგომარეობას იწვევს აუტოიმუნური დარღვევა, როცა იმუნური სისტემა შეცდომით უტევს და ებრძვის ორგანიზმის ჯანმრთელ უჯრედებს.
მე-2 ტიპის აუტომინურ პოლიენდოკრინული სინდრომითან სხვადასხვა სახის დაავადება და სიმპტომია დაკავშირებული. დაავადებებიდან გამოიყოფა: ჰიპოთიეროდიზმი, დიაბეტი, ედისონის დაავადება, ჰიპოპარათირეოდიზმი, ცელიაკია, გრეივის დაავადება.