დაავადების გამომწვევი მიზეზი უცნობია. იგი როგორც ჩანს ვითარდება ანთების საპასუხოდ, იმუნური სისტემის პათოლოგიური რეაქციის გამო. ამ მოვლენების კომბინაცია იწვევს სისხლძარღვების ანთებას და შევიწროვებას და ანთებითი ქსოვილის განვითარებას. ანთება შეიძლება გამოიწვიოს ინფექციამ, თუმცა უცნობია კონკრეტულად, რომელი ინფექცია მონაწილეობს ამ პროცესში.
ორგანიზმში წარმოქმნილი გრანულომები აზიანებენ ჯანსაღ ქსოვილებს, შედეგად ჩნდება შემდეგი სიმპტომები:
მკუნალობის გარეშე ვეგენარის გრანულომატოზი ხშირად იწვევს თირკმლის უკმარისობის გამო სიკვდილს. დაავადების ადრეული დიაგნოზირება და მკურნალობა ზრდის განკურნების შანსებს,